Actualizado: 18 de julio de 2026 | Redactado por el equipo de CopilotGestoria con la revisión de asesores fiscales colegiados
El Tribunal Económico-Administrativo Central (TEAC) ha fijado, en dos resoluciones consecutivas, un criterio que cambia la forma de trabajar de cualquier despacho con clientes en el Suministro Inmediato de Información (SII): el IVA soportado que no estaba registrado en el libro registro cuando se inició una comprobación o inspección no se puede deducir en esa regularización. No es un rumor de foro ni una interpretación aislada de un inspector concreto — es doctrina.
Lo que este artículo NO es
Antes de seguir, una aclaración que evita un malentendido muy extendido: esto no tiene nada que ver con los gastos no deducibles del artículo 95 y 96 de la Ley del IVA (comidas de representación, joyas, atenciones a clientes, vehículos sin afectación exclusiva). Ese es un problema de naturaleza del gasto. El que trata este artículo es un problema completamente distinto: de forma y de tiempo.
Una factura de un gasto 100% deducible por su naturaleza —material de oficina, alquiler del local, honorarios de un proveedor— puede perder su deducibilidad en una inspección concreta simplemente porque no estaba anotada en el libro registro correspondiente cuando empezó el procedimiento de comprobación. El gasto es correcto. La factura es correcta. Lo que falla es el registro. Y ese fallo, según el TEAC, tiene un coste que muchos despachos todavía no han cuantificado.
Esto afecta directamente a un problema que ya conoces de sobra: el cliente que entrega las facturas tarde, a veces el mismo día de la presentación del modelo, a veces meses después. Hasta ahora ese retraso era una molestia operativa. Con esta doctrina consolidada, es un riesgo fiscal cuantificable — y, si Hacienda regulariza, la primera pregunta que se hará el cliente es por qué su gestoría no lo detectó antes.
1. Qué ha dicho exactamente el TEAC (y desde cuándo)
El criterio no nace de una resolución aislada: el TEAC lo ha reiterado dos veces en menos de un año, lo que en la práctica administrativa española equivale a doctrina consolidada, vinculante para toda la Administración tributaria.
Las dos resoluciones
| Fecha | Referencia | Naturaleza |
|---|---|---|
| 26 de noviembre de 2024 | RG 5888/2023 | Primer pronunciamiento del criterio |
| 27 de octubre de 2025 | Resolución nº 00/03742/2024 | Reitera el criterio — clasificada como Doctrina |
El criterio, resumido en lenguaje de despacho: las cuotas de IVA soportado que permanecían sin registrar en el libro registro (SII) en el momento en que la Administración inició el procedimiento de comprobación o inspección no son deducibles en esa regularización concreta, salvo que se trate de alguna de las excepciones que veremos en el punto 3.
La base legal en la que se apoya el TEAC no es nueva ni sorprendente — lleva vigente desde hace años, lo novedoso es la firmeza con la que ahora se aplica:
- Artículo 99.Tres de la Ley 37/1992 del IVA: establece que las cuotas deducibles deben estar "debidamente contabilizadas en los libros registro" para poder ejercitar el derecho a la deducción.
- Artículo 62.6 del Reglamento del IVA (Real Decreto 1624/1992): es el precepto que, para los sujetos incluidos en el SII, obliga a llevar los libros registro a través de la Sede electrónica de la AEAT.
Puedes consultar el criterio en el buscador oficial de doctrina del Ministerio de Hacienda (DYCTEA-TEAC). Es fuente primaria, no una interpretación de terceros: sede.agenciatributaria.gob.es.
2. ¿A quién obliga el SII (y a quién no)? La confusión que hay que evitar
El SII solo es obligatorio para una parte del censo de empresas y autónomos, pero el criterio de fondo del artículo 99.Tres LIVA —contabilizar antes de que empiece el procedimiento— aplica exactamente igual al resto, que lleva libros registro ordinarios. Esta es la confusión más habitual que hemos detectado en el sector: pensar que "si mi cliente no está en SII, esto no le afecta". No es así.
| Obligados al SII (Sede electrónica) | Resto (libros registro ordinarios) |
|---|---|
| Grandes empresas: facturación >6.010.121,04 € el año natural anterior | La inmensa mayoría de pymes y autónomos de tu cartera |
| Inscritos en el REDEME (Registro de Devolución Mensual de IVA) | Régimen general trimestral (Modelo 303) |
| Grupos de entidades que tributan en régimen especial de IVA | Régimen simplificado / recargo de equivalencia |
| Voluntarios acogidos (quedan exonerados de los modelos 347, 340 y 390) | Módulos, actividades profesionales pequeñas |
Lo que cambia entre un grupo y otro no es el criterio de fondo, sino el mecanismo de control. Con el SII, la AEAT tiene visibilidad casi en tiempo real de cuándo se registró cada factura — el dato "llegó tarde" queda documentado automáticamente en la Sede. Con libros registro ordinarios, ese mismo hecho hay que acreditarlo (o desacreditarlo) durante la comprobación, pero el criterio del artículo 99.Tres LIVA se aplica exactamente igual: si la cuota no estaba contabilizada antes del inicio del procedimiento, el inspector puede negarla en esa regularización.
Dicho de otra forma: el SII no crea el riesgo, solo lo hace más fácil de detectar. Los clientes fuera de SII no están protegidos por no estar en el sistema — simplemente tienen un control menos automatizado, lo que en la práctica también significa menos margen de reacción cuando el gestor detecta un desfase.
Según estimaciones del sector (no existe una cifra oficial desagregada y verificable a fecha de este artículo), varias decenas de miles de empresas están obligadas al SII en España, concentrando la mayor parte de la facturación total sujeta a IVA. Pero recuerda: el riesgo de fondo alcanza también a tus clientes que no están en ese grupo.
Si trabajas con clientes que están valorando si les compensa entrar o salir voluntariamente del SII, tenemos un análisis detallado en SII: ¿Salir del Sistema en 2026? Análisis ROI y Alternativas. Y si gestionas la exención del Modelo 347 para clientes en SII, puede interesarte Modelo 347 vs SII: la exención que ahorra 20 horas de trabajo.
¿Sabes qué clientes de tu cartera tienen facturas pendientes de registrar?
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3. Las excepciones que sí protegen a tu cliente
El propio TEAC reconoce tres excepciones, fundamentadas en el principio de neutralidad fiscal de la UE: en estos casos, no hay riesgo recaudatorio para la Hacienda Pública porque el IVA soportado y el repercutido están vinculados al mismo sujeto pasivo, así que negar la deducción no tendría sentido económico ni jurídico.
Adquisiciones intracomunitarias
Compra a un proveedor de otro Estado miembro de la UE. El IVA se autorrepercute — soportado y devengado coinciden en la misma declaración.
Inversión del sujeto pasivo
Operaciones interiores donde el receptor de la factura es quien liquida el IVA (ej. determinadas ejecuciones de obra, oro de inversión).
IVA a la importación diferido
Liquidado por la Aduana con sistema de diferimiento, siempre que concurran los requisitos materiales y no exista fraude ni abuso.
Fuera de estos tres supuestos, el criterio se aplica con carácter general. Y ojo con otro requisito independiente: la factura, además de estar registrada a tiempo, debe cumplir los requisitos de "factura completa" del artículo 6 del Reglamento de facturación (Real Decreto 1619/2012). Una factura simplificada (ticket) no acredita, salvo casos tasados, el derecho a deducir — es un filtro adicional que conviene revisar en la misma auditoría.
4. El coste real: un ejemplo numérico (ilustrativo, no un caso real)
Para dimensionar el riesgo en términos que puedas trasladar a un cliente, aquí tienes un ejemplo de cálculo. Es ilustrativo, con cifras redondas para facilitar el cálculo — no corresponde a ningún caso real ni a una estadística oficial de importes regularizados por este motivo.
Supuesto ilustrativo
Una pyme cliente de tu despacho recibe una factura de un proveedor por servicios profesionales de 8.000 € + IVA al 21% = 1.680 € de cuota soportada. La factura llega tarde a la gestoría y no se registra en el libro/SII antes de que se inicie una comprobación limitada sobre el trimestre correspondiente.
| Concepto | Importe estimado |
|---|---|
| Cuota de IVA no deducible en esa regularización | 1.680 € |
| Intereses de demora sobre esa cuota (variable según el tiempo transcurrido, tipo legal de interés de demora vigente) | A calcular caso a caso |
| Sanción SII por registro tardío (si el cliente está en SII): 0,5% del importe de la factura, mínimo 300 €/trimestre | 300 € (mínimo) |
| Coste directo aproximado de este único hecho | ≈ 1.980 € + intereses |
La deducción de los 1.680 € no se pierde para siempre: podrá ejercitarse en un periodo posterior dentro de los 4 años. Pero durante ese tiempo, el cliente ha tenido que financiar esa caja y, si estaba en SII, asumir además la sanción formal — dos costes distintos y acumulables.
Ahora multiplica ese escenario por una cartera de 50 o 100 clientes y varios trimestres al año. El coste no es solo económico para el cliente: es el tiempo que tu despacho dedicará a explicar por qué pasó, a preparar el recurso o la subsanación, y a gestionar la conversación incómoda sobre responsabilidad. Este es precisamente el contexto en el que se mueve la AEAT en 2025: según la nota de prensa oficial del Ministerio de Hacienda de 2 de julio de 2026, se realizaron 604.000 actuaciones de comprobación (IS, IVA e IRPF combinados) con 1.515 millones de euros liquidados (+6,4%), dentro de una recaudación total por control del fraude de 22.743 millones de euros (+20,2%). No hay un desglose oficial específico de cuánto corresponde a este criterio SII, pero el mensaje de fondo es claro: la Administración está intensificando el control, y el SII es una de sus herramientas de detección más eficaces.
Puedes profundizar en el enfoque de la AEAT para 2026 en Plan de Control Tributario 2026: los 8 sectores que Hacienda va a inspeccionar y en HERMES: la IA de Hacienda que ya elige a quién inspeccionar en 2026.
5. Checklist de auditoría preventiva SII / libros registro
Esta es la parte que ningún competidor ha publicado hasta ahora con este nivel de detalle: un protocolo aplicable, cliente a cliente, en 30-60 minutos. Úsalo como base de una revisión trimestral, antes del cierre de cada Modelo 303.
Checklist — 8 puntos por cliente
- Identifica el régimen del cliente. ¿Está obligado al SII (facturación >6.010.121,04 €, REDEME, grupo de IVA, voluntario) o lleva libros registro ordinarios? El protocolo cambia según el caso.
- Clientes SII — verifica el plazo de 4 días. Comprueba que cada factura recibida se registró en la Sede dentro de los 4 días naturales desde su registro contable, y en todo caso antes del día 16 del mes siguiente al periodo de liquidación.
- Clientes no-SII — revisa el libro registro de facturas recibidas antes del cierre trimestral. Compara la fecha de recepción real (email, buzón, entrega física) con la fecha de anotación contable. Un desfase sistemático de semanas o meses es una bandera roja.
- Filtra por "factura completa". Descarta o marca aparte cualquier ticket o factura simplificada que no cumpla el artículo 6 del RD 1619/2012 — no acredita el derecho a deducir salvo casos tasados.
- Documenta la fecha de recepción real del cliente. Guarda evidencia (email, mensaje, sello de registro) de cuándo el cliente te entregó cada factura. Es tu defensa si algún día hay que acreditar diligencia profesional.
- Aísla las excepciones. Marca aparte las operaciones intracomunitarias, con inversión del sujeto pasivo o importación diferida — estas no entran en el riesgo aunque lleguen registradas tarde.
- Establece un protocolo de comunicación con el cliente para facturas atrasadas. Un aviso automático o recordatorio periódico reduce estructuralmente la causa raíz del problema.
- Revisa antes de cualquier requerimiento, no después. Si te llega un requerimiento o anuncio de inspección, este checklist debería ejecutarse en las primeras 24-48 horas, antes de aportar documentación.
Este mismo protocolo encaja con el trabajo de detección temprana que ya recomendamos en Cómo detectar y prevenir una inspección de Hacienda: 12 red flags y en Requerimientos AEAT 2026: los 7 errores que convierten una comprobación en inspección.
Plantilla descargable para revisar deducciones olvidadas o en riesgo en la cartera de clientes.
6. Qué hacer si detectas facturas no registradas: protocolo de subsanación
Si el checklist anterior te descubre facturas sin registrar, actúa en este orden:
| Paso | Acción |
|---|---|
| 1 | Contabiliza la factura de inmediato, en la fecha en que la detectas — no la "adelantes" a un periodo ya cerrado. |
| 2 | Incluye la cuota en la declaración del periodo correspondiente al momento del registro, respetando el plazo general de 4 años desde el nacimiento del derecho a deducir (art. 99 LIVA). |
| 3 | Si el cliente está en SII y el registro es tardío, valora la autoliquidación o regularización voluntaria antes de que la AEAT inicie actuaciones — la diferencia entre "regularización espontánea" y "en plena inspección" es sustancial en cuanto a sanciones. |
| 4 | Si el caso ya está en fase de recurso o litigio, existe una línea de defensa adicional: distinguir requisitos materiales del derecho a deducir (existencia real de la operación, destino a la actividad) de los formales (el registro en plazo). La Sentencia del TSJ de Galicia de 6 de marzo de 2023 (ECLI:ES:TSJGAL:2023:2565), apoyándose en jurisprudencia del TJUE sobre neutralidad del IVA, defiende que un defecto meramente formal no debería, por sí solo, negar automáticamente un derecho cuando los requisitos materiales concurren. No es una excusa para no prevenir — es un argumento de defensa técnica cuando ya no hay margen de prevención. |
Conviene tener claro que este protocolo de subsanación no exime de dos cosas: primero, la sanción formal por registro tardío en el SII (art. 200 LGT) es independiente y puede aplicarse igualmente; segundo, si el error se produce de forma sistemática, el propio despacho asume un riesgo de responsabilidad profesional frente al cliente. Si te interesa profundizar en cómo corregir errores ya detectados en modelos presentados, tenemos una guía específica en Autoliquidación Rectificativa 2026: corregir errores IRPF, IVA e IS sin recargos.
Deducciones de IVA olvidadas también se pueden recuperar
Si has detectado facturas correctas que nunca se dedujeron, hay un plazo de 4 años para recuperarlas.
7. Cómo evitar que esto vuelva a pasar: automatizar el registro
Todo lo anterior describe cómo detectar y corregir el problema. Pero la causa raíz sigue siendo operativa: los clientes entregan las facturas tarde, de forma sistemática, y ningún checklist manual elimina ese hábito por sí solo. La forma más efectiva de reducir estructuralmente el riesgo es acortar el tiempo entre que la factura existe y queda registrada.
Aquí es donde entra la automatización del registro documental. El DocumentAgent de CopilotGestoria procesa automáticamente las facturas que suben tus clientes o que llegan por correo o por sincronización con Google Drive: extrae NIF del emisor, base imponible, tipo de IVA y retenciones en segundos, y las deja disponibles para el libro registro sin esperar a que alguien las teclee manualmente. No sustituye tu criterio profesional — cada factura sigue pasando por tu revisión — pero elimina el cuello de botella que provoca la mayoría de los registros tardíos: el tiempo entre recepción y captura de datos.
Proceso manual
- El cliente envía la factura por email o WhatsApp, sin aviso
- Alguien del despacho la localiza entre decenas de mensajes
- Se transcriben los datos a mano al libro registro
- El plazo de 4 días del SII se cumple justo (o no)
Proceso con registro automático
- El cliente sube la factura al portal o llega por Drive sincronizado
- Los datos fiscales se extraen automáticamente en segundos
- La factura queda lista para revisión y registro sin retrasos de captura
- El plazo del SII o del cierre trimestral se cumple con margen
Además, el ClientAgent de CopilotGestoria permite que tus clientes finales suban facturas y resuelvan dudas sobre plazos de entrega directamente desde un portal 24/7, reduciendo las llamadas y mensajes repetitivos que hoy interrumpen el trabajo del despacho. Y si quieres ver cómo encajan todas las piezas —desde el registro documental hasta la presentación del Modelo 303— puedes revisar cómo funciona CopilotGestoria o consultar ejemplos reales de uso en casos de uso.
Preguntas frecuentes
En resumen
El TEAC ha dejado claro, en dos resoluciones consecutivas, que registrar el IVA soportado a tiempo ya no es solo una cuestión de orden administrativo: es una condición para poder deducirlo en cualquier comprobación o inspección que se inicie mientras la factura sigue sin anotar. La buena noticia es que el problema tiene solución operativa, no solo jurídica. No hace falta esperar a una inspección para actuar: el checklist de este artículo se puede aplicar hoy mismo, cliente a cliente, en menos de una hora por caso.
La causa raíz de casi todos los registros tardíos —clientes que entregan facturas fuera de plazo— es un problema de proceso, y los problemas de proceso se resuelven acortando el tiempo entre que un documento existe y queda registrado. Automatizar esa captura no sustituye tu criterio profesional: sigue siendo tu despacho quien revisa, valida y presenta cada modelo. Pero elimina el cuello de botella que hoy provoca la mayoría de los desfases.
Si quieres ver cómo encaja esto en el día a día de un despacho con decenas o cientos de clientes, puedes revisar los funcionalidades completas de CopilotGestoria o consultar planes y precios adaptados al tamaño de tu cartera.
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