En 2024, la Agencia Tributaria corrigió bases imponibles negativas y deducciones indebidas por valor de 5.305 millones de euros, un 58% más que el año anterior. No es un dato menor: significa que Hacienda está revisando operaciones de ejercicios que muchos despachos daban por cerrados hace años.
La causa de fondo es una doctrina jurisprudencial que viene consolidándose desde la Ley 34/2015 y que el Tribunal Supremo acaba de confirmar —y ampliar— con la STS 1439/2025: Hacienda puede comprobar hechos de ejercicios prescritos siempre que tengan efectos en periodos no prescritos. El derecho a liquidar prescribe en cuatro años. El derecho a comprobar, en cambio, puede no prescribir nunca.
Para el gestor o asesor fiscal que atiende a un cliente con bases imponibles negativas arrastradas desde la crisis de 2008, o con deducciones de I+D+i que lleva compensando diez años, esto no es doctrina abstracta: es una inspección que puede llegar mañana y preguntar por contratos firmados hace quince años.
Esta guía responde tres preguntas concretas que preocupan a cualquier despacho con más de cien clientes activos:
- ¿Qué permite exactamente hacer ahora el Supremo a Hacienda?
- ¿Qué clientes y operaciones tienen riesgo real en 2026?
- ¿Qué protocolo hay que aplicar para protegerlos —y proteger el despacho?
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Lo que ha cambiado: la doctrina del Supremo tras la STS 1439/2025
Dos conceptos que no son lo mismo
El error más habitual en los despachos es confundir dos plazos que la Ley General Tributaria distingue con claridad:
Prescripción del derecho a liquidar
Regulada en el artículo 66 de la Ley 58/2003, General Tributaria (LGT).
Plazo: 4 años desde el fin del plazo voluntario de declaración. Hacienda no puede emitir una liquidación de un ejercicio prescrito.
Potestad de comprobación de ejercicios prescritos
Regulada en el artículo 115 LGT, en la redacción dada por la Ley 34/2015.
Plazo: sin límite expreso cuando el hecho inspeccionado tiene efectos en periodos no prescritos. Hacienda puede investigar el pasado sin liquidarlo directamente.
Qué dice exactamente la STS 1439/2025
La sentencia del Tribunal Supremo de 2 de abril de 2025 (Sala 3ª de lo Contencioso-Administrativo, recurso 8998/2022, ponente Francisco José Navarro Sanchís) resolvió un supuesto concreto: la Administración quiso comprobar un contrato de cesión de crédito firmado en 1999 para regularizar el IRPF del contribuyente en el ejercicio 2014. El juzgador admitió esa comprobación.
El argumento es el siguiente: el artículo 115 LGT, en su versión vigente desde la Ley 34/2015, otorga a la Administración la facultad de comprobar cualquier hecho, acto, elemento o negocio que tenga efectos en periodos no prescritos, aunque ese hecho se remonte a ejercicios para los que ya haya prescrito el derecho a liquidar.
Lo significativo de esta resolución no es solo su fallo, sino que el propio ponente, el magistrado Navarro Sanchís, formuló un voto particular discrepante en el que alertó del riesgo que esta doctrina supone para la seguridad jurídica y la confianza legítima de los contribuyentes. En su opinión, permitir una comprobación sin límite temporal convierte el principio de prescripción en papel mojado.
Esa tensión —fallo mayoritario favorable a Hacienda con voto particular en contra— es precisamente la señal que debe leer cualquier gestor: estamos ante una doctrina consolidada pero cuestionada, lo que significa que hay margen de defensa, pero también un riesgo real e inmediato.
El contexto: antes y después de la Ley 34/2015
Antes de 2015, la jurisprudencia era más restrictiva. La Ley 34/2015 modificó el artículo 115 LGT para clarificar expresamente la potestad de comprobación retroactiva. Desde entonces, el Supremo ha ido fijando doctrina en varias resoluciones clave:
- STS 1 marzo 2022 (recursos 4304/2020 y 5317/2020): primera admisión expresa de la comprobación de ejercicios prescritos tras la reforma.
- STS 11 marzo 2024 (recurso 8243/2022): confirma la doctrina para operaciones con efectos continuados en el tiempo.
- STS 28 mayo 2025: extiende la doctrina a supuestos de simulación (artículo 16 LGT) en negocios entre sociedad y socio que hayan reducido la base del Impuesto sobre Sociedades, incluso si el negocio es de un ejercicio prescrito.
- STS 1439/2025: consolida y amplía todo lo anterior con el supuesto de cesión de crédito de 1999.
Conviene también conocer la STS 1.007/2024 de 7 de junio de 2024, que introduce una limitación relevante para Hacienda: el principio de íntegra regularización. Si la AEAT corrige bases imponibles negativas al alza, está obligada a considerar también las consecuencias favorables para el contribuyente. Es decir, no puede regularizar solo lo que le convenga.
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Tabla de plazos de prescripción actualizada 2026
La siguiente tabla resume la situación normativa vigente. Es el primer documento que debería estar en el archivo de cualquier despacho que tenga clientes con operaciones complejas.
| Plazo | Qué prescribe | Base legal | Qué NO cubre |
|---|---|---|---|
| 4 años | Derecho de la Administración a liquidar deudas tributarias. También el derecho del contribuyente a solicitar devoluciones. | Art. 66 LGT (Ley 58/2003) | No cubre el derecho a comprobar hechos con efectos en periodos no prescritos |
| 6 años | Prescripción en supuestos de delito fiscal (artículo 305 Código Penal). La Administración puede exigir la deuda tributaria vinculada al delito. | Art. 66 LGT + arts. 305-305 bis CP | Solo aplica a conductas con relevancia penal; no amplía el plazo general administrativo |
| 10 años | Potestad de comprobar bases imponibles negativas, deducciones, bonificaciones y cuotas pendientes de compensar o aplicar. | Art. 66 bis LGT + Art. 26 LIS | No faculta para liquidar el ejercicio prescrito; solo para corregir el saldo arrastrado |
| Sin límite | Comprobación de cualquier hecho con efectos en periodos no prescritos (negocios, contratos, valoraciones). Doctrina STS 1439/2025 + Art. 115 LGT. | Art. 115 LGT (redacción Ley 34/2015) + jurisprudencia TS 2022-2025 | No permite liquidar el ejercicio prescrito; sí regularizar sus efectos en ejercicios abiertos |
Para la mayoría de los clientes de una gestoría estándar, el plazo relevante es el de 4 años. Pero para los que tienen bases imponibles negativas pendientes, deducciones arrastradas, contratos de larga duración o estructuras societarias complejas, el mapa de riesgo es completamente distinto.
Los 7 escenarios de riesgo: casos reales para tu cartera de clientes
Escenario 1 — Bases imponibles negativas de la crisis 2008-2014 Riesgo ALTO
Este es el escenario más frecuente y el que concentra la mayor parte de los 5.305 millones corregidos por la AEAT en 2024. Miles de sociedades —principalmente pymes y autónomos societarios— acumularon pérdidas entre 2008 y 2014. Desde la Ley 27/2014 del Impuesto sobre Sociedades, esas bases imponibles negativas (BINs) pueden compensarse sin límite temporal, aunque con restricción de porcentaje anual del 70% de la base positiva.
El problema es que el artículo 66 bis LGT y el artículo 26 de la Ley 27/2014 otorgan a la AEAT un plazo de 10 años desde la presentación de la autoliquidación para comprobar la procedencia de esas BINs, aunque el ejercicio en que se generaron haya prescrito.
Ejemplo numérico concreto: Una sociedad limitada cerró el ejercicio 2010 con una BIN de 180.000 euros. En los años siguientes compensó esa pérdida progresivamente. En 2026, la inspección puede cuestionarla: ¿era real esa pérdida? ¿hubo gastos no deducibles que la inflaron artificialmente? Si el ejercicio 2010 no puede "prescribir" a efectos de comprobación, la sociedad necesita acreditar la realidad de esos 180.000 euros de pérdida aunque hayan pasado 16 años.
Escenario 2 — Deducciones del Impuesto sobre Sociedades arrastradas (I+D+i, creación empleo, medioambiente) Riesgo ALTO
Las deducciones del Capítulo IV del Título VI de la Ley 27/2014 —especialmente las de I+D+i de los artículos 35 y 36— permiten aplazarse e incluso monetizarse pasados 15 años. Cuando una empresa aplica en 2026 una deducción por proyectos de investigación realizados en 2013, Hacienda puede inspeccionar esos proyectos de 2013 aunque el ejercicio esté prescrito.
En la práctica, muchas pymes con actividades técnicas o de desarrollo de software acumularon deducciones de I+D durante años sin documentación suficiente del proyecto, confiando en que "ya habría prescrito". Con la doctrina actual, ese argumento no sirve.
Escenario 3 — Amortizaciones de activos adquiridos en ejercicios prescritos Riesgo MEDIO
Si un cliente adquirió un inmueble o maquinaria en 2008 y sigue amortizándolo en 2026, la AEAT puede revisar el precio de adquisición, el tipo de amortización aplicado y la correcta imputación del activo, aunque 2008 esté prescrito. La comprobación se extiende mientras el activo permanezca en el balance y genere efectos fiscales en periodos abiertos.
El artículo 11.3 de la Ley 27/2014 del Impuesto sobre Sociedades contempla esta situación para los gastos devengados en ejercicios prescritos. La Administración puede corregir la base de amortización si considera que el valor de adquisición no fue el declarado.
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Escenario 4 — Contratos de arrendamiento y usufructo de larga duración Riesgo MEDIO
La STS 1439/2025 nació precisamente de un contrato de cesión de crédito de 1999. La misma lógica se aplica a los contratos de arrendamiento de inmuebles, contratos de usufructo o acuerdos de préstamo entre partes vinculadas que se firmaron en los años 90 o 2000 y cuyos efectos —cuotas de arrendamiento, intereses, rentas— se siguen produciendo hoy.
Hacienda puede revisar las condiciones del contrato original para determinar si la valoración pactada era correcta o si existía vinculación entre las partes que exigiría aplicar precios de mercado. Esto afecta especialmente a contratos entre socios y sus sociedades, y a acuerdos familiares de cesión de uso de inmuebles.
Escenario 5 — Herencias y transmisiones patrimoniales diferidas en el tiempo Riesgo MEDIO
En las herencias con usufructo vitalicio, la nuda propiedad se transmite en un momento pero el pleno dominio no se consolida hasta el fallecimiento del usufructuario, que puede producirse décadas después. En ese momento, la base de tributación depende de la valoración del bien en la fecha de la herencia original, que puede ser de hace veinte años.
Si el bien se vende posteriormente, la ganancia patrimonial calculada en el IRPF toma como referencia ese valor histórico. La AEAT puede cuestionar la valoración original aunque el ejercicio de la herencia esté prescrito, con el objetivo de aumentar la ganancia sujeta a tributación en el ejercicio de la venta.
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Escenario 6 — Reestructuraciones societarias y fusiones con régimen especial Riesgo MUY ALTO
Las operaciones de fusión, escisión, aportación de ramas de actividad o canje de valores acogidas al régimen especial del Capítulo VII del Título VII de la Ley 27/2014 difieren la tributación de las plusvalías latentes. Esas plusvalías afloran cuando se produce la venta posterior del patrimonio recibido.
En ese momento, la base de tributación depende de valores de adquisición que pueden remontarse a reestructuraciones realizadas hace quince o veinte años. Hacienda puede revisar si la reestructuración tenía motivo económico válido —requisito del artículo 89.2 de la LIS— aunque el ejercicio de la operación esté prescrito. Si concluye que no lo tenía, puede denegar el régimen especial con efectos en el ejercicio actual.
Este escenario es especialmente delicado en transmisiones de empresas familiares y en operaciones de reorganización previas a la venta de la empresa.
Escenario 7 — Negocios entre sociedad y socios con posible simulación Riesgo MUY ALTO
La STS 28 mayo 2025 fija doctrina específica para este supuesto: cuando la AEAT aprecia simulación en el sentido del artículo 16 LGT —es decir, cuando considera que un negocio jurídico carece de causa real o encubre otro negocio diferente— puede aplicar esa calificación aunque el negocio simulado sea de un ejercicio prescrito, si sus efectos se proyectan sobre periodos no prescritos.
En la práctica esto afecta a situaciones muy concretas: préstamos entre socio y sociedad que la inspección recalifica como dividendos, retribuciones por servicios al socio que se consideran no reales, o cesión de activos a precios por debajo de mercado en operaciones vinculadas del artículo 18 LIS.
La palabra "simulación" introduce además una vertiente especialmente grave: a diferencia de las infracciones ordinarias, la simulación tributaria puede alcanzar el ámbito penal si concurren los elementos del delito fiscal del artículo 305 del Código Penal. En ese caso, los plazos de prescripción se amplían a seis años.
Protocolo preventivo en 5 pasos: lo que debe hacer el gestor esta semana
El 80,6% de los despachos fiscales españoles tienen menos de diez empleados (Wolters Kluwer, 2025). Para ese perfil de gestoría, no es razonable hacer una auditoría completa de toda la cartera de clientes. Sí es razonable —y urgente— aplicar un protocolo de revisión selectiva sobre los casos de mayor riesgo.
Paso 1 — Identifica qué clientes tienen partidas pendientes de compensar
El punto de partida es un inventario básico: ¿cuántos de tus clientes societarios tienen BINs pendientes de compensar? ¿Cuántos tienen deducciones arrastradas —I+D+i, por doble imposición internacional, por creación de empleo— que generaron en ejercicios anteriores a 2018?
Para esos clientes, localiza la autoliquidación del ejercicio en que se generó cada partida y verifica que la documentación contable que la soporta existe y está accesible. Si el cliente destruyó archivos siguiendo el criterio de "cuatro años y se puede eliminar", hay que reconstruir lo que sea posible antes de que llegue una comprobación.
Paso 2 — Revisa los contratos de larga duración
Haz un listado de los clientes que tienen contratos vigentes —arrendamientos, préstamos, contratos de servicios con partes vinculadas— firmados antes de 2016. Para cada uno, comprueba:
- ¿Existe el contrato escrito y firmado, con fecha fehaciente (notarial o registro)?
- ¿Se pactaron condiciones de mercado? ¿Hay documentación que lo acredite?
- ¿Ha habido modificaciones posteriores que actualicen las condiciones originales?
Paso 3 — Documenta la "causa" de las reestructuraciones societarias pasadas
Para los clientes que realizaron fusiones, escisiones o aportaciones de ramas de actividad con aplicación del régimen fiscal especial, localiza el informe de motivo económico válido del momento. Si no existe, es recomendable redactar ahora un documento que reconstruya la justificación económica de la operación, aunque sea de forma retrospectiva. No tiene valor probatorio pleno, pero sí puede orientar la argumentación defensiva.
Paso 4 — Establece una política de conservación documental nueva
La regla de los cuatro años es insuficiente. A partir de ahora, el criterio debería ser:
| Tipo de documento | Plazo mínimo de conservación recomendado | Motivo |
|---|---|---|
| Facturas, libros registro, declaraciones ordinarias | 6 años | Plazo penal fiscal (art. 305 CP) |
| Autoliquidaciones con BINs o deducciones generadas | 10 años desde última compensación | Art. 66 bis LGT |
| Contratos vigentes (arrendamiento, préstamo, servicios) | Vigencia + 10 años | Doctrina STS 1439/2025 |
| Documentación de reestructuraciones societarias | Indefinida mientras el régimen produzca efectos | Art. 89.2 LIS + jurisprudencia TS 2025 |
| Escrituras de adquisición de activos en balance | Vigencia del activo + 10 años | Art. 11.3 LIS + comprobación amortizaciones |
Paso 5 — Informa a tus clientes con riesgo elevado
El gestor tiene una responsabilidad de informar activamente a sus clientes sobre cambios normativos o jurisprudenciales que les afecten. Una nota de alerta —por escrito, con acuse de recibo— dirigida a los clientes con BINs pendientes o reestructuraciones pasadas no solo es una buena práctica: es también una cobertura de responsabilidad profesional para el despacho.
El mensaje debe ser claro y sin alarmismo: Hacienda puede revisar ejercicios pasados en determinados supuestos. Vamos a hacer un repaso preventivo de tu situación. Necesito que guardes este inventario de documentos.
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Cómo defenderse si Hacienda ya ha iniciado una actuación de comprobación
Si recibes una notificación de inicio de un procedimiento de inspección o de comprobación limitada que afecte a ejercicios anteriores a 2022, los primeros pasos son críticos.
1. Verifica el alcance exacto de la actuación
La notificación debe indicar qué tributos y qué periodos son objeto de comprobación. Si el procedimiento se extiende a ejercicios prescritos, la AEAT tiene la carga de justificar de forma explícita por qué ejerce la potestad del artículo 115 LGT y cuál es el efecto en el periodo no prescrito. Si no lo hace, hay base para impugnar ese extremo.
2. Invoca el principio de íntegra regularización (STS 1.007/2024)
Si la inspección corrige BINs o deducciones a la baja, exige que aplique también la íntegra regularización: todas las consecuencias favorables y desfavorables del ajuste deben considerarse de forma conjunta. La inspección no puede limitarse a corregir lo que le beneficia a la Administración e ignorar lo que favorece al contribuyente.
3. Solicita tasación pericial contradictoria en valoraciones de activos
Si la comprobación cuestiona el valor de adquisición de un activo o el precio de una operación vinculada antigua, el artículo 135 LGT permite solicitar tasación pericial contradictoria para oponerse a la valoración de la Administración. Este derecho tiene plazos estrictos y debe ejercerse expresamente en el acuerdo de liquidación.
4. Alega el voto particular de la STS 1439/2025
El voto particular del magistrado ponente Navarro Sanchís no es vinculante, pero sí argumentable. Recoge de forma sistematizada las razones por las que la extensión ilimitada de la potestad de comprobación puede vulnerar los principios de seguridad jurídica (artículo 9.3 CE) y confianza legítima. Esta línea argumentativa puede ser relevante en recursos ante el Tribunal Económico- Administrativo Central (TEAC) y, en su caso, ante la Audiencia Nacional.
El dato que conviene tener en mente es que el TEAC recibió 239.177 reclamaciones en 2023, con un ratio de éxito muy desfavorable al contribuyente en sede administrativa. La vía contencioso- administrativa, aunque más lenta, ofrece mejores perspectivas para argumentar en materia de seguridad jurídica.
5. Conserva las comunicaciones y plazos con precisión quirúrgica
Durante un procedimiento de inspección, los plazos de contestación, aportación de documentación y formulación de alegaciones son perentorios. Un incumplimiento puede interpretarse como conformidad o privar al contribuyente de argumentos defensivos. El gestor debe llevar un registro diario de notificaciones y vencimientos desde el primer día.
Preguntas frecuentes sobre prescripción tributaria en gestorías
Por qué la trazabilidad automática es tu mejor argumento ante Hacienda
Ningún programa informático puede evitar que Hacienda inicie una inspección. Lo que sí puede hacer es garantizar que, cuando llegue esa inspección, el despacho tenga toda la documentación disponible, ordenada y localizable en cuestión de segundos.
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Alertas automáticas sobre vencimientos y partidas pendientes
El sistema avisa con siete días de antelación de cada vencimiento fiscal y lleva un registro actualizado de las partidas pendientes de compensar por cliente.
Validación previa de modelos antes de presentarlos a la AEAT
El agente de cumplimiento normativo detecta incoherencias —NIF inválidos, importes inconsistentes, retenciones fuera de rango— antes de que lleguen a la sede electrónica de la AEAT.
En una gestoría que gestiona 50 o 100 sociedades, ningún gestor puede llevar en la cabeza el historial completo de cada cliente. La automatización no es un lujo: es la única forma razonable de mantener el nivel de control que la situación jurisprudencial actual exige.
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Más recursos para gestorías y asesores fiscales
Si este artículo te ha resultado útil, estos otros análisis del blog de COPILOT GESTORIA complementan la información sobre actuaciones de Hacienda y gestión del riesgo fiscal:
- Cómo detectar y prevenir una inspección de Hacienda: 12 señales de alarma para gestorías
- Modelo 111 2025: retenciones IRPF que Hacienda vigila y cómo evitar sanciones
- RGPD en gestorías 2025: multas reales y guía de cumplimiento normativo
- Retenciones IRPF a profesionales: 15% vs 7% — guía completa con ejemplos
Conclusión: la prescripción ya no es lo que era
Hasta 2015, la mayoría de los gestores podían aconsejar a sus clientes que pasados cuatro años un ejercicio fiscal era historia cerrada. Ya no es así. La Ley 34/2015 abrió la puerta a una potestad de comprobación retroactiva sin límite definido, y el Tribunal Supremo ha ido consolidando esa interpretación en una serie de sentencias que culminan en la STS 1439/2025.
Esto no significa que todos los clientes estén en peligro. Significa que los clientes con BINs arrastradas desde la crisis, deducciones de I+D pendientes de aplicar, contratos de larga duración o reestructuraciones societarias pasadas tienen un perfil de riesgo que el despacho debe gestionar de forma proactiva y documentada.
El gestor que aplique el protocolo de cinco pasos descrito en esta guía —inventario de partidas pendientes, revisión de contratos históricos, documentación de reestructuraciones, política de conservación actualizada y comunicación escrita al cliente— estará en una posición mucho más sólida ante cualquier actuación de la AEAT.
Y el gestor que además tiene automatizada la trazabilidad documental de su cartera no solo estará protegido: tendrá tiempo para hacer ese trabajo preventivo en lugar de estar a remolque de las notificaciones de Hacienda.
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