Autónomo y socio de su propia sociedad en la misma actividad: cuándo puede Hacienda estimar sus impuestos tras la sentencia del Supremo 987/2026

Hacienda puede aplicar el método de estimación indirecta, previsto en el artículo 53 de la Ley 58/2003, General Tributaria (LGT), cuando un autónomo y la sociedad de la que es socio realizan la misma actividad y existe tal confusión de ingresos, gastos y medios entre los dos que resulta imposible determinar de forma directa qué corresponde a cada uno. Lo confirma la Sala Tercera del Tribunal Supremo en su sentencia 987/2026, de 23 de julio, que resuelve el recurso de casación 957/2024. La sentencia aclara además algo que suele pasar por alto: para llegar a esa vía no hace falta que la Administración recalifique el negocio (artículo 13 LGT) ni que declare un conflicto en la aplicación de la norma (artículo 15 LGT); basta con acreditar que, en la práctica, no se puede separar lo de uno de lo de otro.

La noticia ha corrido por la prensa especializada con titulares del tipo «Hacienda podrá decidir cuánto pagan en impuestos los autónomos si mezclan su cuenta y las de su empresa». El supuesto que examinó el Supremo es muy concreto: un administrador y socio al 50 % de una sociedad limitada que, al mismo tiempo, ejercía como empresario individual con una actividad idéntica, tributando en módulos en el IRPF y en el régimen simplificado del IVA. La Inspección detectó que ambas estructuras compartían domicilio, denominación comercial y medios humanos y materiales, y que las facturas no permitían saber quién había prestado realmente cada servicio. Los ingresos se concentraban en la persona física, que tributaba por un régimen más ligero, y los gastos en la sociedad.

Este escenario —autónomo societario que además mantiene una actividad personal idéntica a la de su propia sociedad— no es una rareza aislada: según el informe de la Unión de Profesionales y Trabajadores Autónomos (UPTA) sobre la evolución del trabajo autónomo en el primer semestre de 2026, 1.131.752 autónomos están vinculados a una sociedad en España, el 32,4 % del total, de los cuales 515.144 son socios y 616.608 forman parte de algún órgano de administración. No todos están en la situación de riesgo que describe la sentencia, pero el volumen explica por qué esta doctrina interesa a cualquier gestoría con cartera de pymes y autónomos.

Este artículo explica qué dice exactamente la sentencia, en qué se diferencia de otras figuras con las que se suele confundir, qué papel juega el límite de exclusión de módulos, qué indicios pesaron en el caso concreto y qué puede hacer un gestor, tanto de forma preventiva como si la inspección ya está en marcha.

Qué dice exactamente la sentencia del Supremo 987/2026 (y qué no dice)

Los hechos que examinó el Tribunal

La STS 987/2026 resuelve el caso de un administrador y socio al 50 % de una sociedad que, de forma simultánea, ejercía como empresario individual con una actividad idéntica a la de esa sociedad. Ambos compartían denominación comercial, domicilio y medios personales y materiales, hasta el punto de que ni clientes ni trabajadores podían distinguir con quién contrataban realmente. Además, los ingresos se concentraban en la persona física —que tributaba por el régimen más favorable— y buena parte de los gastos se imputaba a la sociedad.

Ante esa mezcla, la Administración no pudo determinar de forma directa qué parte de la facturación correspondía a cada uno, y acudió al método de estimación indirecta para fijar las bases imponibles. El contribuyente recurrió, pero el Supremo desestima el recurso y confirma íntegramente la sentencia de instancia.

La doctrina, en sus propias palabras

La revista especializada Fiscal-Impuestos resume así el criterio que fija el Tribunal:

«Cuando una sociedad y uno de sus socios realizan la misma actividad y existe una confusión entre ingresos, gastos, medios personales y materiales que impide determinar directamente qué corresponde a cada uno, la Administración puede acudir al método de estimación indirecta».

El Tribunal añade que, para hacerlo, la Administración no tiene que acudir necesariamente a los artículos 13 o 15 de la Ley General Tributaria.

Lo que el Tribunal no dice es que baste con «tener una sociedad y ser autónomo» para que Hacienda pueda estimar: exige que la mezcla de medios impida, en la práctica, determinar de forma directa y fiable qué ingresos y qué gastos corresponden a cada estructura. Si un socio lleva su actividad con medios propios, factura con claridad quién presta cada servicio y mantiene contabilidad separada de la de su sociedad, la estimación indirecta no tiene cabida, por mucho que ambas actividades coincidan en el epígrafe del Impuesto sobre Actividades Económicas (IAE).

Conviene enlazar esta doctrina con la de la sociedad interpuesta, que resuelve una pregunta distinta —si la sociedad tiene o no sustancia propia—; puede repasarse en nuestra guía sobre cómo detecta la AEAT una sociedad interpuesta.

Por qué esto puede afectar a clientes de tu cartera este mismo año

Cuántos autónomos están en esta situación

Según el informe de UPTA sobre el primer semestre de 2026, España tenía 3.490.048 trabajadores autónomos en junio de 2026, un 2 % más que en enero de ese mismo año. De ese total, cerca de 490.000 autónomos tienen empleados a su cargo, con 1.155.338 puestos de trabajo asalariado asociados, según la misma fuente. Buena parte del 32,4 % de autónomos vinculado a una sociedad combina las dos altas por motivos legítimos de organización empresarial; la doctrina del Supremo no cuestiona esa combinación en sí misma, sino la falta de separación real cuando ambas estructuras hacen lo mismo.

Eduardo Abad, presidente de UPTA, lo explicaba así en la nota del 20 de agosto de 2026 que acompaña esos datos:

«El crecimiento de los autónomos societarios es, sin duda, una realidad que se puede resumir en una cuestión fundamental: la fiscalidad de las sociedades es mucho más laxa que la de los autónomos que tributan a través del IRPF».

Esa diferencia entre tributar como persona física y hacerlo a través de una sociedad es el terreno en el que crecen estas estructuras mixtas, aunque en 2026 ser autónomo societario también cuesta más: la Orden PJC/297/2026 de cotización a la Seguridad Social sube su base mínima de 1.000 a 1.424,40 euros al mes, un 42,4 % más. No todas son artificiosas, pero conviene revisarlas si el socio ejerce, además, la misma actividad a título personal.

El Plan de Control Tributario 2026 ya apunta en esta dirección

El Plan Anual de Control Tributario y Aduanero de 2026, aprobado por Resolución de la Dirección General de la Agencia Tributaria (AEAT) de 11 de marzo de 2026 y publicado en el BOE núm. 63, de 12 de marzo de 2026 (BOE-A-2026-5843), dedica su apartado A.3, «Ocultación de actividad y uso abusivo de sociedades», a esta materia y anuncia que «se seguirá prestando especial atención a la interposición abusiva y ficticia de las sociedades mercantiles como mecanismo para reducir la carga tributaria». El Plan no menciona literalmente el supuesto de un autónomo en módulos con una sociedad que hace lo mismo, y la sentencia 987/2026 trata de cómo se cuantifica la base, no de interposición; pero ese foco de la AEAT explica por qué estas estructuras mixtas van a estar en el punto de mira.

Para un gestor, la lectura práctica es sencilla: si la AEAT tiene entre sus prioridades para 2026 el uso abusivo de sociedades, cualquier cliente con esta doble estructura merece pasar por una revisión antes de que llegue un requerimiento. El protocolo de qué hacer cuando ya llega ese requerimiento se explica en nuestra guía sobre los errores más frecuentes en la comprobación limitada y la inspección.

Estimación indirecta no es recalificar, ni declarar conflicto, ni simular

Qué hace cada artículo de la Ley General Tributaria

Uno de los aportes más útiles de la STS 987/2026 es que ordena cuatro herramientas de la Ley General Tributaria que se confunden con facilidad porque todas aparecen en el mismo tipo de comprobaciones:

• Calificación (art. 13 LGT): fija la naturaleza jurídica real de un hecho, al margen del nombre dado por las partes.
• Conflicto en la aplicación de la norma (art. 15 LGT): se aplica ante actos artificiosos o impropios para el resultado obtenido, sin infracción literal de la ley. Requiere informe favorable de la Comisión consultiva del art. 159 LGT.
• Simulación (art. 16 LGT): la Administración declara, en la liquidación, que el negocio real es distinto del que aparenta el contrato. Conlleva intereses de demora y, en su caso, sanción.
• Estimación indirecta (art. 53 LGT): no recalifica ni declara fraude; cuantifica la base imponible cuando la Administración no puede disponer de los datos necesarios para determinarla de forma directa.

El propio artículo 53.1 LGT lo formula así:

«El método de estimación indirecta se aplicará cuando la Administración tributaria no pueda disponer de los datos necesarios para la determinación completa de la base imponible como consecuencia de alguna de las siguientes circunstancias».

El precepto enumera cuatro: la falta de presentación de declaraciones o su presentación incompleta o inexacta; la resistencia, obstrucción, excusa o negativa a la actuación inspectora; el incumplimiento sustancial de las obligaciones contables o registrales; y la desaparición o destrucción de los libros, registros o justificantes de las operaciones.

Por qué el Supremo elige la vía más sencilla para la Administración

Las fuentes que resumen la sentencia no precisan en cuál de esas cuatro circunstancias encaja el caso, pero la confusión de medios entre socio y sociedad apunta de forma natural a la tercera: si no se puede diferenciar qué ingresos y qué gastos corresponden a cada estructura, los registros no permiten atribuir correctamente las operaciones. Lo que sí deja claro el Supremo es la consecuencia práctica: la Administración no necesita el trámite más costoso del conflicto en la aplicación de la norma, con su informe preceptivo, ni una calificación previa; le basta acreditar esa imposibilidad material.

Esta distinción importa para la defensa: en la estimación indirecta no hay que discutir si existió intención de eludir impuestos, sino si de verdad era imposible determinar las bases de forma directa. Si el cliente demuestra, con su contabilidad, que sí existían datos suficientes para separar las dos actividades, el presupuesto del artículo 53 LGT decae.

La trampa del límite de módulos que casi nadie tiene en cuenta

Lo que dice la consulta de la Dirección General de Tributos V0645/26

Hay un matiz técnico que explica por qué Hacienda necesita la vía de la estimación indirecta cuando la confusión se produce entre un autónomo y su propia sociedad. La normativa del IRPF obliga a sumar, para el límite de exclusión de módulos, las operaciones del cónyuge, ascendientes o descendientes y de entidades en atribución de rentas en las que el contribuyente participe. Pero una sociedad limitada tributa por el impuesto sobre sociedades, no por atribución de rentas, así que sus operaciones no entran en esa suma.

Lo confirma una consulta vinculante de la Dirección General de Tributos (DGT) directamente relacionada con este supuesto, la consulta V0645/26, de 20 de marzo de 2026. El caso es el de un transportista de mercancías en estimación objetiva que planteaba participar con un 15 % en una sociedad dedicada también al transporte. La DGT responde:

«Las operaciones realizadas a través de sociedades mercantiles de las que sea accionista una persona física no se computan para la determinación del ámbito de aplicación del método de estimación objetiva en las actividades que a título personal desarrolle».

La consecuencia práctica para el gestor

Esta respuesta de la DGT tiene una lectura tranquilizadora y otra de alerta. La tranquilizadora: participar en una sociedad que hace lo mismo que uno hace a título personal no obliga, por sí solo, a salir de módulos. La de alerta: precisamente porque esa vía de «sumar cifras hasta superar el límite» no existe con una sociedad —a diferencia del cónyuge o un familiar directo—, a la Administración solo le queda un camino si detecta que en la práctica hay una sola actividad repartida artificialmente entre dos sujetos: acreditar la confusión de medios y acudir a la estimación indirecta del artículo 53 LGT. La doctrina del 987/2026 es, en buena medida, la única puerta abierta a la Administración cuando la mezcla se produce entre una persona física y su propia sociedad.

Para un despacho que lleva las dos contabilidades, el criterio de módulos «no cuenta la sociedad» no es licencia para descuidar la separación real de medios: es la razón exacta por la que Hacienda pondrá el foco ahí. Quien quiera repasar cuándo conviene dar el salto de autónomo a sociedad limitada puede consultar nuestro análisis sobre autónomo frente a sociedad limitada unipersonal.

Los indicios de confusión que usó la inspección: una lista de comprobación para tu cartera

Los cinco indicios que pesaron en el caso

La sentencia no fija un catálogo cerrado de indicios —cada caso se valora en su conjunto—, pero de los hechos que llevaron a la Inspección a actuar se pueden extraer cinco señales muy concretas que un gestor puede revisar en la ficha de cualquier cliente con esta doble estructura:

Indicio observado en el caso	Qué revisar en un cliente concreto
Domicilio compartido entre el autónomo y la sociedad	¿Tienen la misma dirección fiscal y el mismo local de ejercicio, sin ningún reparto físico o funcional entre ambos?
Denominación comercial parecida o idéntica	¿El nombre comercial o el rótulo del negocio es igual o casi igual en los dos, de forma que un cliente externo no distinguiría con quién contrata?
Medios humanos y materiales usados indistintamente	¿Los mismos trabajadores, vehículos o herramientas se emplean para ambas actividades sin ningún criterio de asignación ni facturación cruzada?
Facturas que no identifican quién prestó el servicio	¿Las facturas emitidas a clientes finales dejan claro, sin ambigüedad, si quien facturó fue el autónomo o la sociedad?
Concentración de ingresos en la persona física y de gastos en la sociedad	¿Existe un patrón sistemático por el que los ingresos favorables tributariamente van a un lado y los gastos al otro, sin correspondencia con quién los generó?

Cómo aplicarlo en diez minutos a un cliente concreto

Ninguno de estos cinco indicios, por separado, convierte automáticamente a un cliente en candidato a una estimación indirecta; lo que pesó en el caso resuelto fue la concurrencia de varios a la vez, hasta el punto de que ni clientes ni trabajadores podían distinguir con quién contrataban realmente. La forma más práctica de usar esta tabla es como filtro rápido: si un cliente tiene, al mismo tiempo, un alta de autónomo y una participación relevante en una sociedad con actividad idéntica, repasar estos cinco puntos permite decidir en pocos minutos si conviene profundizar o si la separación ya es evidente.

Este ejercicio es distinto del que ya cubrimos al hablar de sociedad interpuesta —donde el foco está en si la sociedad tiene sustancia propia en absoluto—, así que si lo que se quiere revisar es esa cuestión previa conviene acudir a la guía específica sobre las señales que usa la AEAT para detectar sociedades interpuestas. Aquí la pregunta es otra: asumiendo que la sociedad existe y opera de verdad, ¿se puede separar con claridad lo que hace ella de lo que hace su socio a título personal?

Estimación indirecta no es sanción muy grave: no confundir la STS 987/2026 con la STS 695/2026

Qué exige el Supremo para hablar de ocultación

Conviene separar dos preguntas que se mezclan con frecuencia al hablar con un cliente inquieto: cómo calcula Hacienda la base imponible cuando hay confusión de medios —la estimación indirecta del artículo 53 LGT, de lo que trata la STS 987/2026— y cómo se sanciona el uso de una sociedad para facturar una actividad profesional, que resuelve una sentencia distinta y anterior: la del Tribunal Supremo 695/2026, de 4 de junio de 2026, recurso de casación 1590/2024.

Esta otra sentencia resuelve un supuesto de simulación en el que un profesional canalizaba sus ingresos a través de una sociedad que, según la Administración, carecía de medios materiales y humanos suficientes, y establece que ese hecho, por sí solo, no basta para calificar automáticamente la infracción como muy grave por «utilización de medios fraudulentos» del artículo 184.3.c) LGT. La Administración tiene que acreditar, además, que la sociedad se usó con la finalidad específica de ocultar la identidad real del socio profesional y de dificultar la comprobación, y es la Administración quien tiene que motivarlo a la vista de las circunstancias del caso.

Por qué conviene separar las dos preguntas al asesorar a un cliente

Mantener las dos doctrinas separadas evita dos errores. El primero: asumir que la estimación indirecta por confusión de medios implica automáticamente una sanción muy grave; no es así, porque calcular la base de otra forma no equivale a probar ocultación deliberada. El segundo, más peligroso: pensar que, como la sanción muy grave exige una prueba reforzada, el riesgo fiscal de una estructura confusa es bajo. No lo es: la regularización mediante estimación indirecta puede suponer una cuota adicional considerable, con sus intereses de demora, al margen de cómo se acabe calificando la sanción.

Para revisar cómo funciona el régimen sancionador cuando hay gastos no justificados puede consultarse nuestro análisis de la STS 520/2025 sobre sanción automática por gastos no justificados. Y si la sociedad, tras la regularización, no puede hacer frente a la deuda resultante, el administrador puede acabar respondiendo de ella; el criterio del Supremo sobre qué tiene que probar la Administración para derivar esa responsabilidad se explica en nuestra guía sobre derivación de responsabilidad tributaria al administrador.

Cómo separar de verdad las dos actividades: protocolo preventivo

Documentar quién presta cada servicio

El punto de partida de cualquier protocolo preventivo es que cada factura emitida a un cliente final debe dejar constancia inequívoca de quién prestó el servicio: el autónomo, con su propio NIF, o la sociedad, con su CIF. Esto parece obvio, pero se rompe con facilidad cuando el mismo equipo comercial vende indistintamente «a nombre de la empresa» sin un criterio previo de asignación. Un protocolo mínimo pasa por fijar, por escrito y de antemano, qué tipo de cliente o de encargo corresponde a cada estructura, y por conservar los partes de trabajo o presupuestos que respalden esa asignación, no solo la factura final.

Medios propios o, si se comparten, con contrato y factura

Cuando el autónomo y la sociedad comparten local, vehículos o personal —algo frecuente y legítimo en empresas pequeñas—, la forma de blindar esa situación no es fingir que no se comparte nada, sino formalizar el uso compartido: un contrato de arrendamiento del local o de los medios, con su factura correspondiente y su reflejo contable en ambas partes, o un contrato de prestación de servicios entre el socio y la sociedad si uno trabaja para el otro. Lo que la sentencia castiga no es compartir medios, sino compartirlos sin ningún rastro documental que permita a un tercero —incluida la Inspección— reconstruir quién pagó qué y a quién.

Coherencia entre el epígrafe del IAE y lo que se factura de verdad

Un tercer punto es la coherencia entre el epígrafe del IAE dado de alta por cada estructura y la actividad que realmente se factura. Si el autónomo está de alta en un epígrafe y la sociedad en otro parecido pero distinto, y en la práctica ambos facturan exactamente lo mismo a los mismos clientes, esa discordancia entre el alta formal y la actividad real es precisamente el tipo de dato que un inspector revisa primero. Mantener actualizada la actividad económica de cada cliente es una tarea sencilla que con frecuencia se posterga.

Ninguno de estos tres puntos sustituye al criterio profesional del gestor sobre el caso concreto; son la base documental mínima sobre la que se puede construir una defensa sólida si algún día se cuestiona la separación entre las dos estructuras.

Qué hacer si la inspección ya está abierta

El informe razonado del artículo 158 de la Ley General Tributaria

Si a pesar de todo la Administración decide aplicar la estimación indirecta, el artículo 158 LGT impone una obligación de motivación que no es opcional:

«Cuando resulte aplicable el método de estimación indirecta, la inspección de los tributos acompañará a las actas incoadas para regularizar la situación tributaria de los obligados tributarios un informe razonado sobre: a) Las causas determinantes de la aplicación del método de estimación indirecta. b) La situación de la contabilidad y registros obligatorios del obligado tributario. c) La justificación de los medios elegidos para la determinación de las bases, rendimientos o cuotas. d) Los cálculos y estimaciones efectuados en virtud de los medios elegidos».

Este informe es el primer documento que debe revisar un gestor ante una liquidación por esta vía, porque tiene que explicar la causa, el método y los cálculos. El artículo 158.3 LGT enumera de dónde pueden salir los datos: los signos, índices y módulos de la estimación objetiva; los datos económicos del propio obligado tributario; los estudios del sector hechos por organismos públicos o privados, con la fuente identificada; y una muestra de empresas análogas del mismo año, identificando la muestra y su origen. El artículo 158.2 LGT añade una garantía: la aplicación del método «no requerirá acto administrativo previo que lo declare», pero su procedencia puede plantearse en los recursos y reclamaciones contra las liquidaciones resultantes.

Dónde puede defenderse el contribuyente

La defensa tiene tres frentes: discutir el presupuesto mismo, porque si el cliente demuestra, con su contabilidad, que sí había datos suficientes para determinar las bases de forma directa, decae el punto de partida del expediente; discutir la idoneidad del método elegido, porque si la Administración ha usado datos de un sector que no se corresponde con la actividad real, ese defecto de motivación es atacable; y revisar si el procedimiento se ha ajustado a sus propios límites, por ejemplo si se ha ampliado el alcance de una comprobación limitada sin motivarlo, un defecto que se analiza en nuestra guía sobre nulidad de comprobaciones limitadas paralelas por el artículo 137 LGT.

Tabla resumen

Vía legal	Qué resuelve	Qué tiene que probar la Administración
Estimación indirecta (art. 53 LGT) — STS 987/2026	Cómo cuantificar la base imponible cuando faltan datos fiables	Imposibilidad material de determinar las bases de forma directa (aquí, por confusión de medios)
Calificación (art. 13 LGT)	La naturaleza jurídica real de un hecho o negocio	Que el nombre dado por las partes no corresponde a la realidad del negocio
Conflicto en la aplicación de la norma (art. 15 LGT)	Actos artificiosos que solo buscan eludir el impuesto	Artificiosidad más informe favorable de la Comisión consultiva del art. 159 LGT
Simulación (art. 16 LGT)	Que el negocio real es distinto del que aparenta el contrato	Ocultación de la verdadera naturaleza del negocio
Sanción muy grave por ocultación (art. 184.3.c LGT) — STS 695/2026	Si la infracción se califica como muy grave	Intención específica de ocultar la identidad real y dificultar la comprobación

En resumen

La STS 987/2026 no crea una obligación nueva ni cambia el tratamiento fiscal de tener, al mismo tiempo, un alta de autónomo y una participación en una sociedad. Lo que hace es cerrar una duda procesal: cuando esa doble estructura se traduce en una confusión real de ingresos, gastos y medios entre el socio y su sociedad, Hacienda puede recurrir directamente a la estimación indirecta del artículo 53 LGT, sin necesidad de recalificar el negocio ni de abrir el procedimiento más costoso del conflicto en la aplicación de la norma.

Para un despacho, el valor práctico de esta doctrina está en anticiparse. El dato de UPTA —el 32,4 % de los autónomos españoles vinculados a una sociedad— y la prioridad declarada por el Plan de Control Tributario 2026 sobre la interposición abusiva de sociedades apuntan en la misma dirección: este tipo de estructuras va a estar bajo revisión durante los próximos ejercicios. La consulta de la DGT V0645/26 aporta el matiz: al no computar la facturación de la sociedad para el límite de módulos, a la Administración solo le queda la vía que ahora avala el Supremo.

La recomendación operativa es doble. Con carácter preventivo, revisar la cartera de clientes con esta doble estructura contra los cinco indicios de confusión que manejó la Inspección, y documentar la separación real de medios y facturación allí donde exista margen de duda. Y si ya hay una inspección abierta, empezar la defensa por el informe razonado del artículo 158 LGT, sin confundir esa discusión con la de si procede una sanción muy grave, que exige una prueba distinta según fijó la STS 695/2026.

Si tu cliente ya cobra de su sociedad además de facturar como autónomo, revisa también que esa retribución esté bien formalizada: puede repasarse en nuestra guía sobre retribución del administrador de una sociedad limitada. Para seguir profundizando, puedes consultar el resto de artículos en el blog de CopilotGestoria.